分群法（Clustering）是很多新手Data Scientist或是ML scientist不知道如何使用的工具，導致很多人在工作流程中從來沒有使用過分群。
最大的問題就是，一般課堂、書籍中教的Clustering方法（像是K-means），都不容易上手，包含超參數不好調，很難快速達到好的效果。（實際上 K-means仍然是很實用的方法，只是需要更多經驗才能用的好）
在上一篇我介紹了一個我自己非常非常愛用的Clustering —DBSCAN，並且快速了介紹其原理跟使用技巧，相信大家可以很快速上手DBSCAN，使用在自己project中或是在面試中提起，還沒有看過的朋友推薦先去看DBSCAN的介紹。
但是在DBSCAN的使用上其實兩個超參數eps、min_samples還是不容易調，並且DBSCAN也有其最大的限制。
DBSCAN預設了所有cluster的密度是類似的，所以我們可以藉由eps跟min_samples給定特定的密度來進行分群，但是這個假設通常不成立。
而HDBSCAN就是為了解決這個問題而存在的
在這篇文章我會講一、HDBSCAN簡介
二、如何使用HDBSCAN
三、Clustering效果比較
針對HDBSCAN深入的原理說明將會在之後的文章補充說明，但是其實大家並不需要詳細了解原理，只要了解我的基礎介紹就好了。
一、HDBSCAN簡介
HDBSCAN的是Hierarchical DBSCAN的縮寫，HDBSCAN的優勢在於
- 只剩一個超參數min_cluster_size要調
- 不會受限於DBSCAN對於cluster密度的限制，接下來我快速說明這點
DBSCAN假設了所有cluster有類似的密度，而這是一個嚴重的問題
我們來看一個具體的例子。如果我用sklearn的make_blob做出來下圖這筆data。
現在請大家先在腦中試想，如果是你你會怎麼把這筆Data進行分群？
我想大部分人應該會做類似下圖的分群，總共把data分成兩群，以及散在周圍有一些noise。
這個結果應該滿單純的，但是這裡的範例data其實就有「兩個cluster密度不一」的問題，而這會讓我們在使用DBSCAN時不太好tune。
這邊可以看到，即便我手動挑了一個不錯的起始超參數，我改動一點數值，滿容易突然就爛掉了。
這就是當cluster密度不同時，DBSCAN會遇到的困境，那下面直接來看HDBSCAN的效果。
這邊可以看到HDBSCAN在超參數的數值差異很大的時候，仍然具有一定的robustness（上面4個結果都是可以接受的結果）。
並且因為HDBSCAN只剩下一個超參數要調，所以使用起來難度也非常非常低。
HDBSCAN 優點1. 比DBSCAN更robust
2. 只有一個超參數要調
3. 不會受限於cluster的形狀與密度
這邊可能會有人好奇那K-Means做起來會怎麼樣，下圖是Kmeans在已知最終只有2個cluster時做出的效果，可以發現還是相當糟糕。
二、如何使用HDBSCAN
這裡要介紹一個package就稱為hdbscan，這是一個scikit-learn-contrib的package，也就是說他用法跟sklearn幾乎一樣並且可以輕易接上大部分sklearn的其他method。
hdbscan的下載相當容易
pip install hdbscan
或
conda install -c conda-forge hdbscan在windows上使用pip裝hdbscan可能會遇到一些環境問題（Visual Studio版本不對），我建議可以用conda，應該相對問題比較小。
而使用上跟sklearn大部分的clustering一模一樣，可以參考下面的code，基本上最重要的就是
.fit() : 用來train clustering
.labels_ : train完後取出每個data屬於的cluster number而HDBSCAN最重要要調的參數就是min_cluster_size，這邊就很直觀的設你認為最小的cluster要包含多少data point就好，或是也可以先隨意給個數值，效果通常都不錯。
其他hyperparametes在官網的簡介有詳細介紹，但是我自己是幾乎沒有調過。
三、Clustering效果比較
這邊我仿照sklearn的實驗，也跑了一個針對目前比較主流的clustering在各種data上的比較，這裡的各個model都是沒有經過tuning的，所以只是比各個model的baseline而已。
這裡要注意HDBSCAN比起其他大部分model更好tune，實際上在這邊所有data上我們都可以把HDBSCAN調到好。
而在運行速度這塊，可以參考下面這張圖，可以看到HDBSCAN比DBSCAN稍快，但是還是比K-Means久不少，所以實際上K-Means在資料量極大的情況還是有使用的必要。
如果想要深入了解HDBSCAN的原理的話，我建議可以看下面這些資料。
HDBSCAN是我在早期做data exploration的時候非常常用的clustering方法，實際的效果也非常穩定可以直接拿clustering的結果來接到ML pipeline上，但是要注意，當我們資料維度較高時，大部分的clustering都會爛掉，HDBSCAN也不例外，所以在資料為度高的時候優先做的事情應該是feature selection而不是clustering。
而在feature selection這塊我之前也有介紹過今年sklearn更新的最新方法
之後也會再寫一兩篇討論在kaggle上還有甚麼常見的方法。
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